Friederike Charlotte sinh ra ở Charlottenburg vào ngày 7 tháng 5 năm 1767, là con cả của Friedrich Wilhelm II của Phổ và là con duy nhất của Friedrich Wilhelm II với người vợ đầu tiên, cũng như là chị họ, Elisabeth Christine Ulrike xứ Braunschweig-Wolfenbüttel.

Tại thời điểm chào đời, người ông bác không con của Friederike Charlotte là Friedrich II Đại vương đang trị vì nước Phổ. Cha của Friederike là cháu trai của Friedrich II và là người thừa kế ngai vàng, còn mẹ là cháu gái của nhà vua. [lower-alpha 1] Cuộc hôn nhân của cha mẹ Friederike không hạnh phúc vì hai người có quá nhiều khác biệt. Sau vài cuộc tình với các nhạc sĩ và sĩ quan, mẹ của Friederike hoài thai vào năm 1769. Elisabeth Christine Ulrike do đó âm mưu trốn khỏi Phổ cùng người tình nhưng bị phản bội và bị bắt, gây ra một vụ bê bối công khai. Một cuộc ly hôn nhanh chóng được chấp thuận, và Elisabeth Christine Ulrike bị quản thúc tại lâu đài Stettin trong bảy mươi mốt năm cho đến khi qua đời ở tuổi 93 vào năm 1840, hai mươi năm sau cái chết của Friederike Charlotte, đứa con duy nhất của Elisabeth Christine Ulrike.

Friederike khi ấy mới hai tuổi vào thời điểm mẹ bị bắt giam và không bao giờ gặp lại mẹ nữa. Friedrich II được ghi nhận là đã cảm thương mẹ của Vương tằng tôn nữ [lower-alpha 2] và giao Friederike Charlotte cho vợ là Elisabeth Christine xứ Braunschweig-Wolfenbüttel-Bevern chăm sóc và nói rằng: "Nàng chỉ còn lại đứa trẻ tội nghiệp này và con bé không thể nương tựa vào ai ngoại trừ nàng; hãy để đứa trẻ ở trong gian phòng hiện đang do cháu gái ta sinh sống. [lower-alpha 3] [1] Friederike Charlotte được ghi nhận là đã có một tuổi thơ hạnh phúc với Vương hậu Elisabeth Christine không con. Vương hậu yêu quý cháu gái cũng như là nghĩa nữ [lower-alpha 4] của mình và Friederike luôn giữ liên lạc thông qua thư từ với mẹ nuôi tong suốt cuộc đời.